由于化肥农药零增长政策、政府补贴力度的加大、农民对生物有机肥认识的改变、提高种植业产品品质等因素使得生物有机肥迎来前所未有的发展机遇，生物有机肥生产队伍初步形成。生物有机肥对提高农产品质量作用最明显、保持土壤健康最长久，可满足农业持续发展的生态需求，是农业废弃物资源化有效途径，资源消耗少，成本最低廉。
生物有机肥对土壤的保健作用体现在保水、保肥、保温、保气（不板结，不沙化，无盐碱）等方面，并可以提供完善的植物营养成分（必要的化学元素，含碳小分子活性物质）和完善的土壤生态结构。可利用微生物解决土壤重金属超标的问题。减少农田重金属总量是一个漫长和耗资的过程，土壤重金属不能降解，可以利用微生物进行活化。微生物活化矿质营养元素的同时，存在活化共生重金属的可能，微生物可以吸附与钝化土壤中的重金属，从而减少植株中的重金属。
检测生物有机肥的质量，最简单直观的检测方法便是感官测定???深咖啡色、无臭、带有泥土味的便质量合格。另一种简单的方法是盛水玻璃杯检测法：将肥料放入水中，上层漂浮物越多、下层沉淀物越少越好，切中层透明咖啡色。
生物有机肥料行业目前也存在问题。企业方面，菌种生产企业与肥料生产企业脱节、与化肥企业缺少协调发展的结合点是行业难点，导致生物有机肥产品质量参差不齐。
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