扬子石化启动自建厂以来最大规模环保投资计划。该计划涉及进一步提升污水处理标准、建立企内固体废物处置设施等新建或提升35个环保设施专项，总投资约25亿元;包括净一装置总排提标改造等15个项目、11.6亿元投资在实施中。到“十三五”末该计划基本完成，届时扬子石化环境保护设施技术水平国内领先，成为绿色化工企业，实现企业与环境更加和谐。
扬子石化建立和运行完善的资源循环经济体系，形成了厂际间、装置间的资源循环利用网络，实现了高、中、低压蒸汽分等级利用、余热回收、发电的高效利用模式;装置尾气回收利用及火炬气回收进入燃气管网;热电厂烟气脱硫生产化肥资源化利用、废酸、碱中和平衡酸碱度、回收废催化剂贵金属，以及污水回用等，被评为全国循环经济示范企业。
扬子石化也是国内最早开展清洁生产的企业之一，建立了源头控制、过程管理、末端治理的全过程清洁生产体系，单位排放强度居先进之列，是中国石化和江苏省清洁生产示范企业。
扬子石化针对新的经营环境变化，主要领导要求职能部门组织对全公司环保设施状态进行梳理，并对照国家最新标准编制完善和提升绿色企业行动计划，形成了涵盖“三废”的所有排放项目，其中利用2017年大修停车开启的项目实施窗口，集中实施专项环保项目，包括对剩余22台工业炉脱硝改造、污水压力管线升级改造等15个项目正在实施中，总投资额约11.6亿元;部分项目大修结束后与生产装置同步开车运行;另有码头装船尾气回收等20个项目正开展前期工作，预计投资额超过10亿元;全部环保投资项目的投资总额约可达到25亿元。这些环保设施整治和提升项目得到了中国石化集团公司的大力支持，也受到南京市环保局的高度关注，该局表示将为扬子石化环境保护设施建设开启政府许可审批等绿色通道，给予政策支持和资金支持。
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