研究表明，采用不同的培肥措施对耕层土壤均有一定的培肥效果，不论是全量还是速效养分都有一定的提高。
采用有机、无机相结合的培肥方式显着提高土壤全氮、全磷、速效磷、速效钾和有机质的含量。各试验中以化肥配施黄腐酸钾效果较为明显。分析认为，黄腐酸钾中含有16％以上的黄腐酸，由于能有效降低土壤pH，与无机化肥配合施用提高土壤养分有效性、增强肥效的发挥，便于土壤养分的提高。
土壤中施入有机肥能够显着增加土壤脲酶、磷酸酶等的活性。试验结果表明，施肥提高脲酶、碱性磷酸酶及过氧化氢酶的活性，其中，化肥配施牛粪处理提高土壤脲酶、碱性磷酸酶活性更显着。土壤呼吸未扰动土壤中产生二氧化碳的所有代谢作用，易受温度、水分、施肥及土地利用方式的影响而发生变化。试验表明，施肥能够不同程度地提高土壤呼吸强度，并且有机无机配施效果较好，采用有机无机相结合的培肥方式促进马铃薯根系生长，为微生物提供有利的生存条件，从而提高土壤呼吸强度。化肥配施牛粪（厩肥）处理土壤呼吸强度增加幅度远大于化肥配施生物有机肥处理。分析认为，培肥中施用厩肥种类与试验土壤类型不同都会对结果造成一定影响；生育期内花期土壤呼吸强度最大，此时土壤微生物、根系呼吸及土壤呼吸强度达最大，而淀粉积累期呼吸强度有所下降，可能与外界环境因素有很大关系。大气温度较高，土壤干旱，抑制土壤微生物的呼吸作用，可能是呼吸强度降低的主要原因。
土壤微生物是土壤质量的一个重要特征。研究表明，化肥配施黄腐酸钾、化肥配施生物有机肥及化肥配施牛粪处理能够增强土壤微生物对碳源基质的利用能力，显着提高土壤微生物群落功能多样性。试验中有机无机配施处理土壤微生物功能多样性明显高于单施化肥处理，有机无机配施处理与单施化肥处理间土壤微生物利用碳源的模式存在明显不同。在水稻土的研究中也发现，化学肥料配施有机肥能显着增加土壤微生物的活性，增加有利于利用不同碳源类型的微生物数量。进行不同施肥处理与地膜覆盖对土壤微生物群落功能多样性研究表明，不同施肥处理在碳源利用上存在较大差异，地膜覆盖与施肥交互作用下降低了土壤微生物对碳源的利用能力。通过长期施肥对水稻土壤微生物群落功能多样性研究发现，土壤微生物碳源利用能力因不同施肥处理而不同。分析认为，有机肥对土壤微生物整体活性会产生明显影响，腐殖酸、生物有机肥及牛粪施入土壤后，能为土壤提供丰富的碳源，大大增加微生物数量及微生物整体的活性。此外，有机肥与化学肥料相结合可以增加农田残茬、枯落物及植物根系分泌物，导致土壤碳、氮增加，土壤微生物可利用碳源增加。土壤碳氮比的适宜调节，创造更有利于微生物生长的环境，从而快速增加可培养微生物的数量及种类，增强土壤碳水化合物、氨基酸、胺类化合物等碳源基质的利用能力。化肥配施羊粪处理显着降低土壤微生物功能多样性及微生物对碳源的利用能力。可能原因是由于施入土层的羊粪为颗粒状，并未进行很好的堆肥发酵，还未完全腐熟，施入土壤后导致土壤C／N的变化，不适宜的C／N反而会影响其肥效的发挥，从而导致根际土壤微生物功能多样性显着低于对照处理。
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